5 Ekim 2016 tarihli ve 29848 sayılı Resmi Gazete’de 2016/9139 sayılı "Yatırımlarda Devlet Yardımları Hakkında Kararda Değişiklik Yapılmasına Dair Karar" yayımlandı. Söz konusu Karar uyarınca;

• Bölgesel teşvik müracaatları yerel birimlere yapılabilecektir.
• Stratejik yatırımlarda faiz desteğindeki tarih sınırlaması kaldırılmıştır.
• Sigorta primi işveren hissesi desteğinde, yatırımın başlama tarihine göre farklı oran uygulaması kaldırılmıştır.
• Vergi indirimi desteğinde yatırımın başlama tarihine göre farklı oran uygulaması kaldırılmış ve yatırımcının yatırım döneminde diğer faaliyetlerinden elde edilen kazançlarına uygulayabileceği indirim tutarı, tüm bölgeler için toplam yatırım tutarının %80’i olarak belirlenmiştir.
• Öncelikli yatırımlarda, enerji verimliliğine ilişkin (j) bendindeki "birim ürün başına en az % 20 oranında enerji tasarrufu" şartı "mevcut durumuna göre en az yüzde yirmi oranında enerji tasarrufu" olarak değiştirilmiştir.
• Yatırımlarını endüstri bölgesinde (imalat sanayine yönelik yatırımlar) gerçekleştirenler de alt bölge desteğinden yararlanabileceklerdir.
• Yatırım süresi içerisinde tamamlanamayan yatırımlar kapsamında, tamamlama vizesi aşamasına kadar yapılan yatırım harcamaları, tamamlama vizesi esnasında teşvik belgesi kapsamında değerlendirilebilecektir.
• Yatırım tamamlama vizesi esnasında turizm işletme belgesi ibraz edilemeyen yatırımlara ait teşvik belgelerinin tamamlama vizeleri,  belgenin genel teşvik sistemine dönüştürülmesi suretiyle yapılabilecektir.
• Aynı işyeri sicil numarasında birden fazla azami prim tutarı içeren belge kapsamında sigorta primi işveren hissesi desteği uygulaması birlikte yapılabilecektir.
• Yatırım döneminde diğer kazançlara uygulanacak indirim oranlarının bölgelere göre değişimine ilişkin geçici 5 inci madde yürürlükten kaldırılmıştır.
• Metalik olmayan mineral ürünlerin imalatında (çok katlı yalıtım camları, kiremit, briket, tuğla, çimento, hazır beton ve harç hariç) 4 üncü ve 5 inci bölgedeki tüm iller bölgesel desteklerden faydalanabilecektir.

"İstanbul ili hariç olmak üzere, asgari 2 milyon TL tutarındaki "demiryolu ve tramvay lokomotifleri ile vagonlarının imalatı" ile bunların aksam ve parçaları konusundaki yatırımlar" bulunduğu bölgede uygulanan bölgesel desteklerden yararlanan yatırımlar arasından çıkarılmıştır.